زانیده رود حدودً از سال ۱۳۸۶ جریان دائمی خود در کل مسیر را از دست داده و خشک شدن آن در شهر اصفهان از نظر توریستی بسیار تأثیر گذار بوده ولی این رودخانه تا حدود شهر زرین‌شهر از توابع استان اصفهان همواره دارای جریان بوده‌است. عمده‌ترین دلایل خشک شدن زاینده رود خشکسالی چند ده ساله در بالا دست و در رشته کوه‌های زاگرس می‌باشد. ارتفاع برف در سرچشمه‌ها مانند زردکوه و چلگرد که حتی در تابستان بیش از ۲ متر بوده در سال ۱۳۹۶ در بهار به کمتر از ۱ متر رسیده بنابراین علاوه بر کاهش دبی سرچشمه‌های خود زاینده رود، دبی تونل‌هایی که آب کارون را به زاینده رود منتقل می‌کنند نیز کاهش یافته‌است؛ ولی از خطاهای انسانی در پایین دست که رودخانه زاینده رود را با خشکی مواجه کرده می‌توان در موارد ذیل خلاصه کرد:

• تبدیل ۱۸۰ هزار هکتار مرتع به باغ در بالادست رودخانه زاینده رود در استان چهارمحال و منطقه فریدن.
• استقرار صنایع بزرگ از جمله ذوب‌آهن اصفهان، پالایشگاه نفت اصفهان، پتروشیمی اصفهان، صنایع شیمیایی، فولاد مبارکه سپاهان، شرکت نفت سپاهان و بسیاری از صنایع آب بر همچون نیروگاه‌ها در مسیر انتقال می‌باشد. به عنوان مثال، شرکت فولاد مبارکه حدود 27 میلیون متر مکعب آب مصرف می‌کند که این میزان شش درصد از کل مصرف شهر است. خشکی رودخانه سبب سازِ بیکار شدنِ چندصدهزار ساکنین پایین دست رودخانه شده و به مهاجرت فصلی یا کامل آن‌ها به استان‌های دیگر یا شهر اصفهان منجر گشته‌است.
• الگوی کشت نامناسب در پایین دست: کشت نامناسب با اقلیم منطقه مانند کشت برنج در استان اصفهان و شهرستان‌های لنجان، زرین‌شهر، باغ‌بهادران
• رودخانه زاینده رود سال هاست که برای مقاطع بلند مدت خشک شده‌است. این مشکل از اوایل دهه ۷۰ و در دولت محمد خاتمی و با انتقال آب به استان یزد آغاز گردید و در دولت بعدی نیز ادامه یافت. محمود احمدی‌نژاد در سفر به استان چهارمحال و بختیاری شرایطی را فراهم آورد که شرایط تقسیم آب کاملاً بهم خورد و حق آبه شیخ بهایی نادیده گرفته شد و با برداشت‌های بی‌رویه، موجب عدم رسیدن آب به پشت سد زاینده رود شده‌است. از عوامل اصلی خشک شدن رودخانه می‌توان به این موارد اشاره کرد:

فاز نخست انتقال آب از زاینده رود به شهر یزد در اسفندماه ۱۳۷۸ توسط محمد خاتمی رئیس‌جمهور وقت به بهره‌برداری رسید.یکسال بعد یعنی در سال ۱۳۷۹ زاینده رود خشک شد.

• برداشت بی‌رویه آب در مسیر رودخانه در محدوده سد تا پل کله توسط پمپاژ که به تنهایی بیش از کل میزان آبی است که سالانه توسط تونل دوم و تونل چشمه لنگان وارد حوضه زاینده رود می‌شود. این میزان هم‌اکنون در حدود ۲۹۰میلیون متر مکعب است که سال به سال در حال افزایش است.
• انتقال حدود ۱۴۰ میلیون متر مکعب آب به صنایع استان‌های یزد و کاشان

با وجود خشکی زاینده رود هر ساله در بودجه سنواتی برای خط لوله دوم زاینده رود به یزد و نیز پروژه انتقال آب زاینده رود به فولاد بروجن، توسط مجلس و دولت هزینه می‌شود.